Spirit Island es un juego cooperativo complejo y temático sobre la defensa de tu isla natal contra los invasores colonizadores. Los jugadores son diferentes espíritus de la tierra, cada uno con sus propios poderes elementales únicos. En cada turno, los jugadores eligen simultáneamente qué carta de poder jugar, pagando energía para hacerlo. Usar combinaciones de cartas de poder que coincidan con las afinidades elementales de un espíritu puede otorgar efectos de bonificación gratuitos. Los poderes más rápidos surten efecto de inmediato, antes de que los invasores se extiendan y arrasen, pero otras magias son más lentas, requiriendo previsión y planificación para usarlas con eficacia. En la fase del Espíritu, los espíritus ganan energía y eligen cómo crecer: recuperar cartas de poder usadas, buscar nuevo poder o extender su presencia a nuevas áreas de la isla.

Los Invasores se expanden por el mapa de la isla de forma semi-predecible. En cada turno exploran ciertas tierras (partes de la isla); en el siguiente turno, construyen en ellas, formando pueblos y ciudades. En el turno siguiente, las arrasan, sembrando la plaga y atacando a los isleños nativos. Los isleños se defienden de los Invasores cuando son atacados y prestan ayuda a los espíritus, aunque no siempre de la forma esperada. Algunos Poderes actúan a través de los isleños, ayudándoles, por ejemplo, a expulsar a los Invasores o a limpiar la tierra de la plaga.

El juego se intensifica a medida que avanza: los espíritus extienden su presencia a nuevas partes de la isla y buscan poderes nuevos y más poderosos, mientras que los Invasores intensifican sus esfuerzos de colonización. Cada turno representa de 1 a 3 años de historia alternativa. Al comienzo del juego, para ganar se requiere destruir hasta el último explorador, pueblo y ciudad del tablero; pero a medida que aterrorizas a los Invasores, la victoria se vuelve más fácil: huirán incluso si quedan exploradores o pueblos y ciudades. La derrota llega si se destruye algún espíritu, si la isla es invadida por la plaga o si el mazo de Invasores se agota antes de lograr la victoria.

El juego incluye diferentes adversarios contra los que luchar (por ejemplo, una colonia minera sueca o una remota colonia británica) . Cada uno modifica la dinámica del juego de maneras distintas y ofrece diferentes niveles de dificultad para mantener el desafío a medida que mejoras tus habilidades.